証券会社の営業マンに言われて、上場会社の株券について特定口座を開設しようと思って、箪笥に大事にしまっておいた株券を探して見ましたが見当たりません。
どうしたらよろしいでしょうか？

こんな場合慌ててしまいますね。

従来は、株券を盗難・紛失・滅失などによって喪失した場合には、株主名簿に株主として記載されて無い限り、株主としての権利を行使できないし譲渡も出来ない事とされていました。
そこで、株券を無効にするためには、裁判所に公示催告の手続きを行い、株券を無効とする除権判決を受けたのち株券の再発行を会社に申し出なければなりませんでした。

平成15年4月1日施行の商法改正により、株券は公示催告から除外され、新たに創設された「株券失効制度」よることとなりました。

この制度では喪失した株券を無効にするために会社に対して株券喪失登録を申請します。
登録の翌日から１年経過後に株券の再発行を受けられると言う制度です。

この制度に基づく株券喪失登録申請には手数料や株券再発行手数料が必要になる場合があります。各会社の総務部に電話で照会すると良いでしょう。